Au XVIe siècle, durant les guerres vaudoises, la ville a été épargnée et quelques-uns trouvèrent refuge au sein des caves. Le baron de Gordes déclare qu’ « il y a au dit lieu de Gordes deux hommes qui font ordinairement de la poudre à canon et un serrurier qui ne fait que rhabiller arquebuses, et se doute bien que ce sont ces gens là ».
La majeure partie de ce lieu souterrain a abrité un très grand moulin à huile d’olive qui a probablement fonctionné jusqu’à la fin du XVIIIe siècle.
Sous la Révolution, le propriétaire de l’époque, président de la chambre apostolique du Comtat Venaissin, François Marie de Gaudin de Lancier, prévenu in extremis de l’arrivée d’hommes armés, put quitter sa demeure grâce à ce réseau souterrain.
Plus près de nous, le déblaiement de certains niveaux atteste leur utilisation pendant la guerre. De 1960 à 2000, quarante ans de travaux de déblaiement, à vrai dire non encore terminés, se sont avérés nécessaires afin d’ouvrir le lieu au public et d’y faire découvrir son activité passée.